衛生間是處理污穢之物的地方，所以最好將它設置在六煞、禍害、五鬼、絕命四兇方位上。這樣從風水上可以起到以兇壓兇、以毒攻毒的效果，化兇為吉。不可將衛生間設置在住宅的財位、文昌位，否則會導致破財之災，對事業也不好。此外，衛生問盡量不要與臥室、餐廳、廚房、客廳等地房門相沖，這也是不吉利的。

現在很多住宅都在主臥設一個衛生間，看上去很方便。但是從風水上講，這樣是很不好的。一般主臥中衛生間的門都朝著床，這是非常忌諱的布局。此外，由于通風不好，穢氣會直接沖到住在里面的人身上，導致渾身疼痛等情況發生。還有潮濕、噪聲等問題也會影響人的健康。